Cảng Cát Lái được vận hành bởi Trung tâm Điều độ - công ty Tân Cảng Sài Gòn. Khu vực trong cảng được chia làm 2 Terminal A và B cùng một khu vực riêng dành cho container lạnh và một bến riêng chuyên dùng tiếp nhận sà lan và đóng hàng gạo. Bên trong Cảng Cát Lái có 3 Depot quản lý container rỗng, khu vực bên ngoài có 4 Depot liên kết.

Trước năm 2007, Cát Lái sử dụng phương pháp quản lý bãi và container thủ công. Kể từ 2006 đến nay, Công ty Tân Cảng Sài Gòn đăng ký sử dụng phần mềm quản lý Thời gian thực TOPX từ Úc, tự động hóa gần như toàn bộ các khâu lập kế hoạch và quản lý bãi.